加尔文的崛起
路德改革运动带动了丹麦、挪威和瑞典加入改教阵营，而法国此时仍在犹疑中。法国国王法兰西斯一世在路德改教后十五年内保持中立，这可能是因为他与查理五世在政治和军事上对立，借此让改教运动牵制查理。然而，法兰西斯的妹妹玛格丽特积极支持改教，路德的思想因此逐渐在法国扩散。虽然改教势力在法国有增长趋势，但国会中的旧势力强大，改革派遇到了巨大阻力。若非法兰西斯的调停，改革派或已遭到严厉迫害。
法兰西斯一世在保护改教者上一直尽力，直到1527年他被迫向查理五世赎回被扣押的儿子，为此他不得不批准国会镇压改教派的要求。尽管如此，他仍继续为改教派提供某些便利，甚至在1529年任命了一位温和的改教派人士为巴黎主教。然而，1533年为了获得教皇克莱门特七世的支持，他开始镇压改革派。不过，由于与德国达成了一项有利的和约，法兰西斯的宗教政策再度转变，并且派遣使者前往德国与改革派就神学问题达成一致。若非1534年出现一些激烈的反天主教言论，改教派或许有机会在法国建立更为稳固的基础。
正是在这种不确定的局势中，第二代改教领袖加尔文崛起。加尔文生于1509年，父亲是诺阳主教的秘书，他接受了极为良好的教育，在奥尔良和波尔热大学攻读法律，并深受文艺复兴时期的人文主义思想影响。起初，他对宗教并无特别兴趣，但在1532年，他完成了第一本古典文学注释后，突然经历了深刻的属灵觉醒，开始研究《圣经》，逐渐认同改革派的观点，并在改革运动中活跃起来。
加尔文的神学
加尔文神学的核心体系集中在他的著作《基督教要义》之中。该书初版于1536年，之后被他多次修订完善。加尔文认为，认识神与认识自我是相互关联的，真正的神认识促使人看清自身的堕落和罪性，而这也进一步推动人对神的敬畏与爱。因此，对神的认识不单是抽象的知识，而是与救恩紧密相连的实际经历。
在加尔文的神学中，神的启示是认识神的唯一途径，虽然大自然和人类内心也见证了神的存在，但由于罪的遮蔽，人无法通过这些自然的方式真正认识神。唯有圣经作为神的启示，带着圣灵的光照，才能帮助人认识神的旨意与救恩。圣经的中心即是耶稣基督，透过基督的救赎，人才能真正认识造物主。
加尔文的神学还强调神的绝对主权。他认为，神从永恒中预定了一切，包括人的堕落与救赎。按照加尔文的观点，救恩并非由人自主选择，而是神在永恒中已决定拣选了部分人得救，任由其他人沉沦。教会即是由这些被拣选的子民组成的群体。虽然在现今的教会中，选民与非选民混杂在一起，但教会必须维持其基本特征：宣讲福音、施行圣礼和保持纪律。教会纪律对加尔文尤为重要，因为它有助于保持教会的圣洁，促进信徒的成圣。
加尔文在日内瓦的改革
加尔文在日内瓦的教会改革并非一帆风顺。最初，他与法惹勒合作，简化崇拜程序，推动道德改革，并制定了一些严格的教会纪律。然而，由于这些措施过于严厉，很快引发了信徒的不满，最终导致他和法惹勒在1538年被驱逐出日内瓦。
当日内瓦陷入混乱并面临天主教势力的威胁时，市民请求加尔文回归。1541年，加尔文重返日内瓦，采取了更加稳健的措施，清除主张自由放任的领袖，完全控制了省议会。他认为，日内瓦作为一个基督教城市，应当像一个神治社会，他与牧师和长老共同组成了审裁议会，严格督导市民遵行圣洁的生活。
加尔文的改革制度虽然严苛，但他重视民主精神，日内瓦的教会与政府领袖由市民选出，且没有等级之分，实行集体领导。这种模式为后来欧洲各地的民主制度发展奠定了基础，加尔文的影响也因此超越了宗教领域。
加尔文神学的影响
加尔文的神学体系后来被发展为加尔文主义，包含五大要点，成为新教改革运动中的重要思想流派之一。加尔文的思想不仅影响了宗教领域，还在政治、社会、文化等方面产生了深远的影响。他的改革推动了欧洲各地民主制度的萌芽，奠定了现代政治与宗教的许多基本原则。