神学争论
改教派（即后来称为基督教的新教）虽然迅速发展并奠定了稳固基础，但其内部问题日益显现，同时天主教国家在政治和军事上的威胁日渐加剧。1618年，天主教与基督教之间的冲突最终爆发，随后的三十年战争给欧洲带来了巨大的创伤。
路德去世后的分歧
在路德去世后，德国教会在神学问题上逐渐产生分歧。路德的助手墨兰顿与路德在气质上截然不同。他主张温和、中庸，试图与天主教达成和解，并对天主教的某些传统持较为宽容的态度，同时也接受加尔文派的一些观点，尤其是圣餐的理解。然而，路德的追随者认为墨兰顿背叛了信义宗的信仰，导致信义宗内部产生激烈的神学争论。
这场争论主要集中在救恩观和圣餐礼仪上。墨兰顿派（腓力派）主张圣灵与人共同作用，而路德派则认为救恩完全是神的工作。此外，关于善行和教会纪律，双方也有不同看法。纯正路德派认为人在堕落后完全丧失了对神的感应能力，而墨兰顿派则主张人在堕落后仍保留一些感应能力。
最终，尽管两派在1577年达成了《协同信条》的协议，但彼此间的分歧并未完全消除。
荷兰的改革宗争论
在改革宗内部，不同地区的教会原本在神学上非常统一，但在16世纪末，荷兰首先出现了神学争论。荷兰的亚米念主义提出了一些挑战，加尔文主义者与亚米念主义者的争论主要围绕神的预定、救赎计划和人类的自由意志展开。
亚米念反对无条件拣选，认为神拣选人的基础是个人对神恩典的接受或拒绝。这一观点引发了荷兰教会内的激烈争辩。为了应对亚米念主义的挑战，荷兰政府召开了多特会议，最终否定了亚米念主义，确立了加尔文主义的五大要点。
正统主义、敬虔主义与启蒙运动
随着神学争论的不断发展，基督教的信仰表达逐渐变得严谨而僵化，信仰生活失去了活力。正统主义将信仰转化为一套固定的教义，忽视了信徒与神之间活泼的关系。这种僵化的信仰导致了敬虔主义的兴起。
敬虔主义
17世纪末，法兰克福的牧师史宾纳通过组织小组读经祈祷，发起了敬虔主义运动，强调实际的属灵操练和追求个人的属灵生命。敬虔主义试图摒弃理性化的神学争论，回归到圣经的基本教导，注重信徒内在的属灵体验。
然而，敬虔主义逐渐将信仰过度个人化和内在化，导致其与社会责任脱节。这种主观化的信仰倾向为后来的自由派神学奠定了基础。
启蒙运动
正统主义的僵化和对理性的过度依赖也间接促成了启蒙运动的兴起。启蒙思想家开始怀疑基督教中的绝对真理，主张以理性批判为基础，质疑圣经的权威。这一思潮对教会的传统信仰构成了重大挑战，促使自由主义神学在18世纪逐渐发展。
教会的复苏
尽管基督教在17世纪末和18世纪初面临信仰危机，外部世界也在急剧变化，但神的慈爱之手仍在引领教会复苏。在这个动荡的时期，教会逐渐找到了新的方向，迎来了信仰的复兴。